Honda fabricó 160 unidades del NSX-R sólo para el mercado japonés, donde la idea del Jefe de Proyecto, Sr. Kyoji Tsukamoto, “no era crear una versión final con una enorme dosis de potencia adicional, sino volver a lo básico”. Esta variante más sencilla, presentaba cambios en su frontal con tomas de aire más pequeñas y un capó de fibra de carbono. Prescindía del aire acondicionado, sistema de aislación acústica y asientos de cuero, que ásan a ser Recaro de fibra de carbono. La luneta trasera contaba con un vidrio más delgado y no contaba con rueda de repuesto, eran algunas de sus particularidades. Ni pensar en contar con dirección asistida, sistema de audio y bolsas de aire, porque fueron eliminadas del equipamiento de esta variante.
Todo lo anterior, permitió un ahorro de 84 kilos de peso, totalizando 1.274 kilos en la báscula, mientras que su relación peso/potencia paso de 205 a 220 CV/Tonelada. Los ingenieros de Minato también realizaron ajustes mecánicos específicos como son: brazos oscilantes transversales dobles que incorporan muelles, amortiguadores más rígidos, barra estabilizadora delantera más gruesa, y la caja manual de seis marchas con una relación final más corta.
Su motor de seis cilindros en V con 3.179 c.c. eroga los mismos 280 CV del NSX "normal", pero con bielas y pistones modificados, sumado a un acelerador electrónico recalibrado y la ausencia del control de tracción.
Un ejemplar, idéntico al descrito precedentemente, fue subastado en el marco del Concorso d’Eleganza Villa d’Este en poco más de USD 1 millón por Broad Arrow Auctions con menos de 16 mil kilómetros en el odómetro y su correa de distribución fue reemplazada en 2023.
